وجاء في نص الاتفاق الذي اطلعت عليه وكالة فرانس برس، أن الطرفين اتفقا "على تشكيل جيش وطني صومالي وقوة للشرطة تدمج فيهما الميليشيات الإسلامية والحكومة الانتقالية والميليشيات الأخرى المحلية".
وتعهد الطرفان أيضا "بعدم مساندة اسياد الحرب وبألا يقاتل أحدهما الآخر وبالتوقف عن التسلح". واتفقا على "التعايش السلمي مع البلدان المجاورة وعلى الطلب من دول المنطقة احترام وحدة أراضي الصومال". كما تعهد الطرفان "الاستمرار في تطبيق اتفاق السلام الموقع في 22 يونيو/حزيران" الذي ينص على الاعتراف المتبادل ووقف الأعمال العسكرية".
وبتشديده على الدفاع عن وحدة أراضي الصومال, يشير الاتفاق إلى واحدة من أشد النقاط صعوبة في المفاوضات, أي نشر قوة سلام دولية في الصومال الذي يشهد حربا أهلية منذ 15 عاما بين لوردات الحرب.
وتطالب الحكومة, المدعومة من الاتحاد الإفريقي والسلطة الحكومية للتنمية (ايغاد), بنشر هذه القوة. وقد تبنى الاتحاد الافريقي منذ يناير/كانون الثاني 2005 مبدأ نشر هذه القوة في الصومال لكن تطبيق المشروع يواجه صعوبات. وفي المقابل, أعرب الإسلاميون مرات عدة عن رفضهم القاطع نشر هذه القوة مؤكدين انهم سيقاتلونها إذا ما انتشرت.
ويثير الاتفاق أيضا مسألة تدخل البلدان المجاورة، وهي مسألة حساسة أيضا بين الطرفين. ويتهم الإسلاميون اثيوبيا بأنها ارسلت في يوليو/تموز قوات إلى الصومال لحماية الحكومة الانتقالية, وقد نفت اديس ابابا والحكومة الانتقالية هذه التهمة.
وحضر وزير الخارجية السوادني لام اكول ومندوب جامعة الدول العربية التي تقوم بالوساطة في هذه المفاوضات, توقيع الاتفاق الذي أجري في احد فنادق العاصمة السودانية.
وقال رئيس وفد المحاكم الإسلامية ابراهيم حسن عدو في حفل التوقيع "يسرني توقيع هذا الاتفاق الذي سيفتح الطريق إلى بسط السلام في الصومال".
وأضاف "بصفتنا محاكم إسلامية, سنطبق هذا الاتفاق الذي تم التوصل إليه هنا في الخرطوم وندعو الحكومة إلى تطبيقه أيضا".
من جانبه, قال مساعد نائب رئيس الحكومة الصومالية الانتقالية عبد الله شيخ اسماعيل بعد التوقيع أن "الشعب الصومالي قد تعب من الحرب".
وأضاف "الصوماليون لا يريدون أن تستمر المواجهات بين الفصائل. ولقد حان وقت احلال السلام ولن نتردد في اغتنام كل الفرص للسعي إلى بسط السلام في بلادنا".
ويسيطر الإسلاميون حتى الآن على العاصمة الصومالية مقديشو وبضع مناطق في الجنوب وجزء من وسط الصومال قرب الحدود الإثيوبية.
وقد بدت المؤسسات الانتقالية التي أنشئت في 2004 عاجزة حتى الآن عن بسط الأمن في الصومال الذي يشهد حربا أهلية بين لوردات الحرب.