نحوه اجرای طرح هدفمندی یارانه ها و پرداخت یارانه های جدید، اختلاف میان دولت و مجلس را در ایران شدت بخشیده است . علی لاریجانی رئیس مجلس شورای ایران می گوید که یارانه جدید، گرانی به بار می آورد. او در این زمینه نامه ای به آیت الله علی خامنه ای نوشته است. اما محمود احمدی نژاد رئیس جمهور این کشور بر ادامه اجرای طرح به شکل کنونی تاکید می کند.

لاریجانی امروز سه شنبه 3-3-2012 در آغاز جلسه علنی مجلس شورا، در سخنانی، پرداخت یارانه جدید از سوی دولت را "خلاف صریح قانون" برشمرده و نسبت به افزایش تورم در نتیجه این اقدام هشدار داده است. او گفت که در این زمینه به آیت الله خامنه ای نامه نوشته است.

بر پایه طرح هدفمندی یارانه ها که دولت محمود احمدی نژاد آن را به اجرا گذاشت، یارانه های دولتی از کالاها حذف گردیده و مقرر شد که به صورت نقدی به خانواده ها پرداخت شود. قرار بود بخشی از درآمد حاصل از اجرای طرح به بنگاه های تولیدی اختصاص داده شود.

دولت احمدی نژاد یکشنبه هفته گذشته اعلام کرد که مبلغ 28 میلیون تومان به حساب‌های مردم ریخته شده و این مبلغ "مابه‌التفاوت فاز اول و دوم" طرح هدفمندی یارانه‌ها است.

نمایندگان مجلس اما می‌گویند دولت با این عنوان عملا فاز دوم هدفمندی یارانه‌ها را کلید زده بدون اینکه مجلس آن را تصویب کرده باشد.

به گزارش واحد مرکزی خبر، علی لاریجانی گفت که "مجلس شورای اسلامی نمی‌تواند با طرح‌های غیر کارشناسی که طوفان تورم ایجاد می‌کند موافقت کند. نظیر وضعی که در چند ماه گذشته اتفاق افتاد و ثروت مردم را تقلیل داد."

از سویی احمدی نژاد سه شنبه در دیدار اعضای دولت، استانداران و مسئولان دستگاه های اجرایی کشور گفت: "گام دوم طرح هدفمندی یارانه‌ها برای اجرا آماده است و همه مسئولان و استانداران باید برای اجرای هر چه بهتر این مرحله آمادگی كامل داشته باشند."

احمدی نژاد ماه گذشته در جلسه پاسخ به سوالات نمایندگان مجلس گفته بود که افزایش قیمت ها ارتباطی با طرح هدفمندی یارانه ها ندارد.